《哥斯拉大战金刚》这两头巨兽，在这部片里兢兢业业由头打到尾，为怪兽迷们众奉献了一场视觉盛宴……

金刚本来守着自己一亩三分地，每天吃饱喝足运运动投投标枪，日子虽然过得不是很开心，但也悠哉悠哉。但科学家们发现，从远古活到现在的哥斯拉，本来一直都在深海睡着懒觉，最近却总是出来晃悠，还袭击了人类，哥斯拉一向对人类没什么兴趣，现在居然这么反常，这令科学家们觉得奇怪。而事出有因必有妖啊，原来一家高科技公司APEX，在野心勃勃在研究一个只听命于人类的机器哥斯拉，并且还意图拿此来消灭本君，被敏锐的哥斯拉察觉到了，环境平衡受到威胁，它岂能置之不理呢，所以直接上门干架来了。

APEX公司知道地心空洞里有能抗衡哥斯拉的一种超强能量，于是找到写过巨兽起源说和研究过地心空洞的科学家内森，资助他去找寻。内森为完成哥哥的遗愿和自己的研究，最终决定加入这趟探险。他找到了自己的老朋友，一直在金刚身边做研究的艾琳，艾琳身边有个能和金刚沟通的小女孩，她知道金刚过得不开心且金刚日渐庞大，骷髅岛已不能算是金刚的最佳栖息地。而地心空洞里或许有着金刚真正的家园，据以此，艾琳同意了内森的建议，护送金刚一同踏上了这段艰难的旅程。

当航行到塔斯曼海域时，哥斯拉居然出现，虽然航母大炮飞机齐轰，但在两个巨兽面前就仿如玩具般渺小，完全不起作用，金刚也被哥斯拉拽到水里扁了一顿，最后人类假性认输后才施施然离去。

内森和艾琳带着金刚终于找到了地心世界，来到了金刚种群的遗址，并得到了一把用哥斯拉祖先背鳍做的斧子（话说金刚是在骷髅岛上出生的孤儿，并不知道自己族群和哥斯拉族群是世仇）。

哥斯拉也终于追到了香港，一口原子吐息直接穿到地心，金刚拿着新装备战斧顺着这个洞口出到香港。这下，两个庞然大物打得天昏地暗，哥斯拉毕竟是怪兽之王，吃肉哪有吃核弹的的厉害呢，金刚差点就要丧命于哥斯拉之手（还好人类用刚得到新能源修复了它）。在金刚奄奄一息之际，机械哥斯拉出现，战力指数爆表，哥斯拉被揍得有点惨，差点就开膛剖腹了，还好，修复完毕的金刚得知哥斯拉跟自己是一伙的，赶紧上前帮忙，这个时候也不讲究武德不武德了，所谓双拳难敌四首，两巨兽配合默契，最终拆解了这头机械怪兽。而并肩作战产生的小友谊也让他们最后尽释前嫌。

电影的最后，人类从地心空洞获得了能源，还顺道解决了金刚的吃饭问题，皆大欢喜！